O nome de Vila Flor estará associado à Senhora da Flor, antiga ermida com esse-nome e hoje capela inserida nas ruínas da igreja. O orago da igreja matriz de Vila Flor-é São Bartolomeu.

Das localidades templárias mais antigas da região, entre outras localidades, Vila Flor,-Nisa, Montalvão e Alpalhão, foram separadas da diocese da Guarda, pela Bula “Pro-excellenti apostolicae sedis”, do papa Paulo III em 1549, enquanto Arez é desanexada-da diocese de Évora e são todas englobadas na diocese de Portalegre, então criada.

Em 1505 é referenciada no Tombo dos bens pertencentes à Comenda da Ordem de-Cristo de Vila Velha de Ródão, e Vila Flor aparece classificada como aldeia anexa à-sobredita comenda, sendo Comendador Jorge Barreto. No Numeramento Geral da-População de 1532, o lugar ainda pertencente à Ordem de Cristo e tinha 50-moradores. Nas Memórias Paroquiais de 1758, contava 48 vizinhos (160 habitantes).

No Livro das Comendas da Ordem de Cristo de 1563, a parece referenciada como-Comenda de Ródão e Vila Flor. Nunca terá sido uma comenda autónoma, tendo-andado sempre anexa à comenda de Ródão.

Em 1606 é criado o Condado de Vila Flor extinto de 1640. Em 1661 o rei D. Afonso VI-agraciou D. Sancho Manuel e Meneses Severim de Noronha, General das Províncias-da Beira e Alentejo o 1º Conde donatário de Vila Flor.

Vila Flor era constituído pelas ruas do Pereiro, da Praça, do Canto e Longa e o seu-termo de Vila Flor é composto pelos lugares de Monte de Albarrol, Lugar de São-Domingos (com ermida), Lugar do Telheiro (Unidade de produção de telhas que ainda-era habitada no século XVII, atual Tapada da Bucharda) e o Bairro da Barragem (que-existiu entre os finais dos anos 60 a meados dos anos 70 do século XX) Hoje em-ruínas.

No século XVIII tinha2 Juízes Ordinários, dois Vereadores e 1 Procurador do Concelho-qua constituem a Câmara.

A sua população, no século XIX, conforme os Róis de Confessados, andou sempre-entre os 25 e 40 fogos, com cerca de 84 e 130 moradores.

Em 1836 o concelho de Vila Flor é extinto e anexado ao concelho do Gavião e em-1895 é anexado ao concelho de Nisa e em 1862 a freguesia foi anexada à freguesia-de Amieira.